Algoritmo filogenético estocástico optimizado para secuencias de ADN mitocondrial

Autor: Raúl Lamadrid chico
Coautor(es): Dr. Francisco Hernández Cabrera. Dr. Francisco Almaguer Martínez. Raúl Lamadrid Chico
Este estudio presenta un análisis exploratorio del ADN mitocondrial (ADNmt) de 3600 especies en el dominio Eukarya, dividido en 55 subfilum. Para cada secuencia de ADN se calculan múltiples parámetros estocásticos, como los exponentes del análisis de fluctuación desviada (DFA) y Hurst, la entropía de Shannon y la proporción de Chargaff. Nuestro objetivo es examinar los parámetros mencionados anteriormente para determinar un pequeño número de coeficientes con relevancia biológica que se pueden usar para determinar las tasas de cambio en las bases de nucleótidos para implementar modelos de algoritmos genéticos capaces de funcionar en un entorno paralelo distribuido. Los resultados sugieren que las regiones relevantes en el ADNmt pueden ubicarse utilizando correlaciones de largo alcance, la probabilidad de aparición de bases nucleicas y la proporción de pirimidinas a purinas. Además, los primeros resultados de los algoritmos de agrupación indican que los índices introducidos podrían ser útiles en estudios filogenéticos.