Detectando características funcionales en conjuntos de ARNs
Ponente(s): David Iván Hernández Granados, Dr. Hugo Cabrera Ibarra, Dra. Lina Raquel Riego Ruiz.
Dentro de la biología, el estudio del ácido ribonucleico (ARN) ha sido importante debido a su papel clave dentro de las etapas intermedias de la síntesis proteica. El ARN está formado por una sola cadena de ribonucleótidos y con dos grupos hidroxilo, que le permiten plegarse sobre sí. Es de gran interés ilustrar estas redes de interacción, a las cuales se les conoce como estructuras secundarias del ARN, mismas que se pueden modelar mediante una gráfica de árbol. Se sabe también, que los procesos biológicos del ARN están relacionados con su estructura. Así mismo, el descubrimiento de nuevos ARNs largos no codificantes (ARNs-lnc) ha ido en aumento y con ello la importancia de estudiarlos, dado que la estructura que los componen y las formas en las que actúan sobre otras moléculas permanecen aún en su etapa de caracterización. Actualmente, se ha establecido que este tipo de moléculas de ARN son importantes para la regulación de diversos procesos como lo son: el desarrollo celular, la respuesta al estrés, la regulación transcripcional, entre otros. Recientemente, para identificar ARNs-lnc se utilizan programas y herramientas computacionales. Sin embargo, estas metodologías se limitan a analizar solo ARNs de algunos organismos en particular, generalmente: humanos, ratones, gusanos y plantas. Un ejemplo de ello es LncFinder que incluye una gran base de ARNs-lnc de humanos, ratones, pollos, peces cebra y trigo, pero solo incluye pocos genomas de hongos como lo es la levadura Saccharomyces cerevisiae.
Así, en este trabajo proponemos un algoritmo, basado en la representación de una estructura secundaria de ARN mediante una gráfica de árbol, para detectar características funcionales presentes en conjuntos de ARNs. Dicho algoritmo analiza las gráficas de árbol de tres conjuntos de ARNs con la finalidad de extraer información estructural. Primero, se buscan similitudes estructurales entre los dos primeros conjuntos. Segundo, se establece si dichas similitudes están presentes, o no, en el tercer conjunto. Como ejemplo práctico, se mostrarán los resultados al analizar ARNs del organismo S. cerevisiae, estableciendo con ello la característica funcional de ser un ARN-lnc de dicho organismo.