Técnicas simbólicas para la inferencia de redes de regulación genética

Autor: Stalin Muñoz Gutiérrez
Coautor(es): Miguel Carrillo, Eugenio Azpeitia y David Rosenblueth
Se trata el problema de inferencia de Redes booleanas para modelación de redes de regulación genética a partir de restricciones biológicas. Partiendo de una definición formal de regulación, se construye una panoplia de restricciones simbólicas sobre los conjuntos límites del sistema dinámico en la red silvestre y sus posibles mutantes. Se presenta una generalización de los grafos de interacciones que permite expresar de manera detallada posibles incertidumbres o desconocimiento en el signo y presencia de interacciones entre genes. A grandes rasgos, el algoritmo computacional propuesto toma la formulación booleana de las restricciones del problema de inferencia transformándolo en una instancia del problema de satisfactibilidad booleana (SAT). Se presentarán resultados concretos logrados con Griffin, una implementación del algoritmo en lenguaje java que se vale de técnicas de aprendizaje de cláusulas para abordar la complejidad computacional de problema. El software Griffin puede descargarse de la dirección: http://turing.iimas.unam.mx/griffin/.